| MirGeneDB ID | Cel-Mir-1817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1817 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-1817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-1817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrI: 10869388-10869454 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCCAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGAAAAAAUGUACAUUUCAAUUUUCGAGUAGCCAAUGUCUUCUCUAUCAUGCAUUUUACAAAUAAUGAGUACAUGAUAGUGAAAUAUUUGCUUCCUGAAUUUCAGAGAUGUUUUUUUUUGUCUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUGAAAAAAUGUACAU- AAUU-| AGU C C U CAUUUUACA UUC UUCG AGC AAUGU UUC CUAUCAUG A GAG AAGU UCG UUAUA AAG GAUAGUAC A GAUCUGUUUUUUUUUGUA ACUUU^ CCU U - U AUGAGUAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-1817_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCCAAUGUCUUCUCUAUCAUG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0006584 TargetScanWorm: cel-miR-1817 |
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| Star sequence | Cel-Mir-1817_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UGAUAGUGAAAUAUUUGCUUCC -67
Get sequence
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