| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-135-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-135a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-135-P1 Gmo-Mir-135-P2b Gmo-Mir-135-P4a Gmo-Mir-135-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P2 Ami-Mir-135-P2 Bta-Mir-135-P2 Cfa-Mir-135-P2 Cja-Mir-135-P2 Cli-Mir-135-P2 Cmi-Mir-135-P2 Cpi-Mir-135-P2 Cpo-Mir-135-P2 Dno-Mir-135-P2 Dre-Mir-135-P2a Eca-Mir-135-P2 Ete-Mir-135-P2 Gga-Mir-135-P2 Gja-Mir-135-P2 Hsa-Mir-135-P2 Laf-Mir-135-P2 Lch-Mir-135-P2 Loc-Mir-135-P2 Mal-Mir-135-P2a Mdo-Mir-135-P2 Mml-Mir-135-P2 Mmr-Mir-135-P2 Mmu-Mir-135-P2 Mun-Mir-135-P2 Neu-Mir-135-P2 Oan-Mir-135-P2 Ocu-Mir-135-P2 Pab-Mir-135-P2 Pbv-Mir-135-P2 Pma-Mir-135-o2 Rno-Mir-135-P2 Sha-Mir-135-P2 Spt-Mir-135-P2 Sto-Mir-135-P2 Tgu-Mir-135-P2 Tni-Mir-135-P2a Xtr-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
scaffold02980: 68878-68937 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCCUGCUAUACUCAUGCCGCUCUGUCUGCUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUGUUGAACCAUGCUCACAUGGAAACAGAAGCCAUUUUAGACACCGUGAGAGAACCACACGACAGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUCCUGCUAUACUCAUGC--| UC CU UA U UGUUGA CGC UGUCUG AUGGCUUUU UUCC AUGUGA \ GUG ACAGAU UACCGAAGA AAGG UACACU A AGAGACAGCACACCAAGAGA^ CC UU CA - CGUACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-135-P2a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-135-P2a_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACAUGGAAACAGAAGCCAUUUU -60
Get sequence
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