| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1933 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-1933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr11: 21344599-21344664 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGGACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCACCUCAGCAUAUCUGUCCUGAUCCCACAGUCAUGGUGUUCGGUCUUAGUUUGUGACCAGUUUAGUUUAACCAGGACCAUCAGUGUGACUAUUGGAUUGGGACUAUCCACUGCGGUGAGUGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCACCUCAGCAUAUCU--| UG CAC G UUC A UGUGACCA GUCC AUCC AGUCAUG UG GGUCUU GUU \ CAGG UAGG UCAGUGU AC CCAGGA CAA G GUGUGAGUGGCGUCACCUAU^ GU UUA G UA- C UUUGAUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-1933_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009396 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUCAUGGUGUUCGGUCUUAGUU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009396 TargetScanVert: mmu-miR-1933-5p miRDB: MIMAT0009396 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-1933_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CCAGGACCAUCAGUGUGACUAUU -66
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009397 TargetScanVert: mmu-miR-1933-3p miRDB: MIMAT0009397 |
