| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1943 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1943 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-1943 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr15: 79375235-79375293 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGGAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAAAACCCCUGGGGAGCCUCUGGCUGGGAAGGGAGGAUCUGGGCACCUGGACCAGCUCCUCCCUGCAGGUGCCAGCUCCUCCCUUCCCAGUCACCAGGACCAGCAUCUGCUCCCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAAAACCCCUGGGGAG- C-| U G GACCAGC CCU UGGCUGGGAAGGGAGGA CUGG CACCUG U GGA ACUGACCCUUCCCUCCU GACC GUGGAC C GUCCCCUCGUCUACGACCA CC^ C - GUCCCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-1943_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGGAGGAUCUGGGCACCUGGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009408 TargetScanVert: mmu-miR-1943-5p miRDB: MIMAT0009408 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-1943_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGGUGCCAGCUCCUCCCUUCC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-1943-3p miRDB: MIMAT0017342 |
