| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1958 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-1958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr4: 48213134-48213200 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGAAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGGUCUUAGUGAUGAGCCUAGAAGAGAACUUACUGCUUCCACUUUCCUAUAGUUUAAUUUCUAACUGCAUUCUAUAGGAAAGUGGAAGCAGUAAGUUCUCUUCUAGGUUCCGUGACCUCACCAGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60
AUGGUCUUAGUGAUGAG--| GUUUAAUUUC
CCUAGAAGAGAACUUACUGCUUCCACUUUCCUAUA \
GGAUCUUCUCUUGAAUGACGAAGGUGAAAGGAUAU U
UCGACCACUCCAGUGCCUU^ CUUACGUCAA
120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-1958_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUACUGCUUCCACUUUCCUAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mmu-Mir-1958_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UAGGAAAGUGGAAGCAGUAAGU -67
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009431 TargetScanVert: mmu-miR-1958 miRDB: MIMAT0009431 |
