| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1960 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-1960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr5: 30170751-30170807 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCACUGCCCAAGGUCACAGAGUGAGCAGCCAGUGCUGUUAGAAGAGGGCUGAGAGCAGGGAGAGCUCUCUUCUGCAGCACUGACUUUUCCUCUGCAUUGGCACAUUUUGAACACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGCACUGCCCAAGGUCA---| U C C U GAGAG CAGAG GAG AG CAGUGCUGU AGAAGAGGGCU C GUCUC CUU UC GUCACGACG UCUUCUCUCGA A ACACAAGUUUUACACGGUUAC^ - U A - GAGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-1960_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGUGCUGUUAGAAGAGGGCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009433 TargetScanVert: mmu-miR-1960 miRDB: MIMAT0009433 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-1960_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUCUCUUCUGCAGCACUGACU -57
Get sequence
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