| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-3080 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3080 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-3080 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr15: 82959228-82959285 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAGCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUUGAACAAAAGUCCACGGUUUGAGAUCUGAAGCGCCUGUUCUUGGAUCGUGGCCCUGUAGUCAUCCUCGGGCAAAGCGCUUGACAUCUCUGUGCCUCCUUUCUCGUCUGGAGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUUUGAACAAAAGUCCAC- UU- CUG C-| UU CGUGGCC GGU GAGAU AAGCGC UGUUC GGAU \ CCG CUCUA UUCGCG ACGGG CCUA C CCAGAGGUCUGCUCUUUCCU UGU CAG AA^ CU CUGAUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-3080_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAGCGCCUGUUCUUGGAUC -21
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3080-5p miRDB: MIMAT0014868 |
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| Co-mature sequence | Mmu-Mir-3080_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCCUCGGGCAAAGCGCUUGACA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3080-3p miRDB: MIMAT0014869 |
