| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-652 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-652 Cfa-Mir-652 Cja-Mir-652 Cpo-Mir-652 Dno-Mir-652 Eca-Mir-652 Ete-Mir-652 Hsa-Mir-652 Laf-Mir-652 Mml-Mir-652 Mmr-Mir-652 Ocu-Mir-652 Pab-Mir-652 Rno-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chrX: 142739020-142739080 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGGCCUCCAGGAACAGCUAUGUACUGCACAACCCUAGGAGGGGGUGCCAUUCACAUAGAGUAUAAUUGAAUGGCGCCACUAGGGUUGUGCAGUGUACAGCCUACACAACUCUACGCGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGGGCCUCCAGGAACA--| A GAGGG CAUAGA GCU UGUACUGCACAACCCUAG GGUGCCAUUCA \ CGA AUGUGACGUGUUGGGAUC CCGCGGUAAGU G CGGCGCAUCUCAACACAUC^ C A---- UAAUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-652_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAACCCUAGGAGGGGGUGCCAUUCA -25
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-652-5p miRDB: MIMAT0017260 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-652_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAUGGCGCCACUAGGGUUGUG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003711 TargetScanVert: mmu-miR-652-3p miRDB: MIMAT0003711 |
