| MirGeneDB ID | Aca-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
1: 5622445-5622504 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v1
1: 5622445-5622504 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-v2 1: 5622445-5622504 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Aca-Mir-203-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUCCUCCAAAUCCAAGCCUGCUGGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUAUUAUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCCGGCGGGCCCAGGCAACACAUGCUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCCUCCAAAUCCAA--| GC U G A GUUCUCU GCCUGCUGGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CGGGCGGCCUA UCACCAGGA UUGU AAGU GU A AGGUCGUACACAACGGACC^ GU U A - UAAUAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Variant | Aca-Mir-203-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUCCUCCAAAUCCAAGCCUGCUGGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUAUUAUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCCGGCGGGCCCAGGCAACACAUGCUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCCUCCAAAUCCAA--| GC U G A UUCUCU GCCUGCUGGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CGGGCGGCCUA UCACCAGGA UUGU AAGU GUU A AGGUCGUACACAACGGACC^ GU U A - AAUAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-203-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-203-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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