| MirGeneDB ID | Aga-Mir-2940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2940 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2940-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064600.1: 2843245-2843310 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2940-v1) |
Mir-2940-v1
NC_064600.1: 2843245-2843310 [-]
Ensembl
Mir-2940-v2 NC_064600.1: 2843245-2843310 [-] Ensembl |
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| Variant | Aga-Mir-2940-v1 |
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| Seed | GUCGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGAUCUGCGGACUGACACACUGCCUGCAUUGGUUUAUCUAGUCUGUCGAAACAAGUGAAUUUGCAAAAGUCUUGUCGACAGAGAGAUAAAUCACUGUUUGUGGUCCUAGACAACAGAGUUCCGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAUCUGCGGACUGACAC--| UG CU U AG AA UGAAUUU AC C GCA UGGUUUAUCU UCUGUCGA CAAG \ UG G UGU ACUAAAUAGA AGACAGCU GUUC G GUGCCUUGAGACAACAGAUCC^ GU UU C G- -- UGAAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-2940-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUUUAUCUAGUCUGUCGAAACAAG -26
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-2940-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UGUCGACAGAGAGAUAAAUCACU -66
Get sequence
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| Variant | Aga-Mir-2940-v2 |
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| Seed | UCGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGAUCUGCGGACUGACACACUGCCUGCAUUGGUUUAUCUAGUCUGUCGAAACAAGUGAAUUUGCAAAAGUCUUGUCGACAGAGAGAUAAAUCACUGUUUGUGGUCCUAGACAACAGAGUUCCGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAUCUGCGGACUGACAC--| UG CU U AG AA GUGAAUUU AC C GCA UGGUUUAUCU UCUGUCGA CAA \ UG G UGU ACUAAAUAGA AGACAGCU GUU G GUGCCUUGAGACAACAGAUCC^ GU UU C G- -- CUGAAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-2940-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUUUAUCUAGUCUGUCGAAACAA -25
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-2940-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- GUCGACAGAGAGAUAAAUCACU -66
Get sequence
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