| MirGeneDB ID | Aqu-Mir-2014-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2014 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Amphimedon (Amphimedon queenslandica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aqu-mir-2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aqu-Mir-2014-P1 Aqu-Mir-2014-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Emu-Mir-2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. queenslandica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Demospongiae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000090795.1_v1.0_SPONGE) |
NW_003546250.1: 90534-90645 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2014-P2) |
Mir-2014-P3
NW_003546250.1: 89373-89486 [-]
Ensembl
Mir-2014-P2 NW_003546250.1: 90534-90645 [-] Ensembl |
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| Seed | AGAUUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGGUCUUGAGGUGAUUCAAGAGGCACUGUAGAUUGGGCUUGGUCGGCAGAUGAAUAAAAGAGAUUAAGUUUUUGUCCUUUUUCAAAAGAAGACACUAGCUUGAUGCAACUCUUAAAUCUGCUGUCCAGUCUUAAUCUACAGGGCAGACAGUCCUCAGCAGUUCCAUUAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 AAGGGUCUUGAGGUGAUUCAAGAG--| A C U UGAAUAAAAGAGAUUAAGUUUUUGUCCUUUUU GC CUGUAGAUUGGG UUGG CGGCAGA C CG GACAUCUAAUUC GACC GUCGUCU A UGAUUACCUUGACGACUCCUGACAGA^ G U U AAAUUCUCAACGUAGUUCGAUCACAGAAGAAA 170 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aqu-Mir-2014-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009690 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGAUUGGGCUUGGUCGGCAGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Aqu-Mir-2014-P2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
90- UGCUGUCCAGUCUUAAUCUACA -112
Get sequence
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