| MirGeneDB ID | Asu-Mir-5345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5345 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | asu-mir-5345a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold68: 235543-235601 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5345) |
Mir-10-P2o8
Scaffold68: 233217-233273 [-]
Mir-5345 Scaffold68: 235543-235601 [+] |
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| Seed | AGGCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCAGUGAAGUGCUGCGAGGUGUGCUCAAUAAGGCACUGGAUUGGUCAGUUGAGUUUUCUUAGCGAAACUGGCCAUUCCAUUGUCUGGCCGAGCGGACCAAUGUUGUGCAGCUCAUGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCAGUGAAGUGCUGCGA--| G AAUA C U GAGUUUU GGU UGCUC AGGCA UGGA UGGUCAGUU \ CCA GCGAG UCUGU ACCU ACCGGUCAA C AUGUACUCGACGUGUUGUAA^ G CCGG U U AGCGAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Asu-Mir-5345_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGCACUGGAUUGGUCAGUU -21
Get sequence
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| Star sequence | Asu-Mir-5345_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021538 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUGGCCAUUCCAUUGUCUGGC -59
Get sequence
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