| MirGeneDB ID | Asu-Mir-5353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5353 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | asu-mir-5353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold618: 101798-101858 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5353) |
Mir-31
Scaffold618: 63636-63697 [+]
Mir-5353 Scaffold618: 101798-101858 [+] |
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| Seed | CAUUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAUGAUCACAUACCAGACGCGCACCCUUAGGCGAACAGUGUGCAAUUCGAGUUGAUUAUUUGCAACUCAUUGCGAUUUUGUUCGGCUCAUGGUGUUCGACACCUGCCAUCUCAAGUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAUGAUCACAUACCAGA-- C CUU G UG-| UC UGAUU CG GCACC AG CGAACAG UGCAAU GAGU A GC UGUGG UC GCUUGUU GCGUUA CUCA U UUUUGAACUCUACCGUCCACA U UAC G UUA^ -- ACGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Asu-Mir-5353_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCGAACAGUGUGCAAUUCGAGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Asu-Mir-5353_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCAUUGCGAUUUUGUUCGGCUCA -61
Get sequence
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