| MirGeneDB ID | Ava-Mir-242-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Mir-242-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-242 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Lan-Mir-242 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pca-Mir-242 Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Rph-Mir-242 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075492.1: 7934575-7934649 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAUGUAAUAUCAUCCUGUUGCGUUGUAUUUUGCGUAGGCGUUUUUGCAAGGAUAGGUGCACUUUCUUGUGUAGAAAAUUUCCUUGCAUAACGUGAUAUGCAAGUACCACUGGGAUUGUUCAUCUAAUUAAAUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAUGUAAUAUCAUCCU-- G -| U U G- UU UAGGUGCACUUUC GUU C GU GUAUUU GCGUA GCGUU UGCAAGGA \ UAG G CA CAUGAA CGUAU UGCAA ACGUUCCU U UCUAAAUUAAUCUACUUGU G U^ C - AG U- UUAAAAGAUGUGU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ava-Mir-242-P10_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGCGUAGGCGUUUUUGCAAGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Ava-Mir-242-P10_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
52- CUUGCAUAACGUGAUAUGCAAGU -75
Get sequence
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