| MirGeneDB ID | Ava-Novel-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | AVA-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075495.1: 8323034-8323098 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1) |
Mir-1175-P11
CP075495.1: 8297250-8297312 [-]
Ensembl
Mir-750-P9 CP075495.1: 8298204-8298264 [-] Ensembl Novel-1 CP075495.1: 8323034-8323098 [+] Ensembl |
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| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAUGAUUUAUUCCAAGUGAAUUAUCGUUUUUUGGCACAAAUUGAAAUUCAUUUUGUUAAUAAUGAUAUCGAUGAGUUUCAUAUUGUGUCGAAAUCGAUAAAUUUAAAACGGAUUUUACACAUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAUGAUUUAUUCCAAG-- -| UU AU UUGUUAAU UGAA UUAUCG UUUUGGCACAA UGAAAUUCAUU \ AUUU AAUAGC AAAGCUGUGUU ACUUUGAGUAG A UUUACACAUUUUAGGCAAA A^ U- AU CUAUAGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ava-Novel-1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGGCACAAAUUGAAAUUCAUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ava-Novel-1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UGAGUUUCAUAUUGUGUCGAAAU -65
Get sequence
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