| MirGeneDB ID | Ava-Novel-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | AVA-NOVEL-4 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075495.1: 11524721-11524813 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-4) |
Mir-190-P26
CP075495.1: 11524477-11524536 [+]
Ensembl
Novel-4 CP075495.1: 11524721-11524813 [+] Ensembl |
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| Seed | AACCUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCGUUUGAACUUUAUCGAAUUUAGUAAAUAGCUCAUGUAAUCAAGGUUACGCUAUGAAGAAGACGAAAAUGUUUAUAUACUUUGUCUUUGUUCAUCACCGCAACCUUGAUCACAUGAGCUAUUAACUUUUUUCGUAAAGAUUUUAUCUACAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 AUCGUUUGAACUUUAUC--| UUU A A A CUAUGAAGAAGACGAAAAUGUUU GAA AGU AAUAGCUCAUGU AUCAAGGUU CG \ CUU UCA UUAUCGAGUACA UAGUUCCAA GC A UACAUCUAUUUUAGAAAUG^ UUU A C C CACUACUUGUUUCUGUUUCAUAU 150 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ava-Novel-4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUCAUGUAAUCAAGGUUACG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ava-Novel-4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
71- CAACCUUGAUCACAUGAGCUAU -93
Get sequence
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