| MirGeneDB ID | Ava-Novel-5-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | AVA-NOVEL-5 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Novel-5-P1a Ava-Novel-5-P1b Ava-Novel-5-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075496.1: 5439712-5439773 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-5-P2a) |
Novel-5-P1b
CP075496.1: 5439562-5439625 [+]
Ensembl
Novel-5-P2a CP075496.1: 5439712-5439773 [+] Ensembl |
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| Seed | UACUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACGAAUAUGACUAAUCGGGCUCCUUAUUCUUACUAUUGUUUUAUACUGUAGUCGACAUUUUUCAAAUCUACAGUAUUCUACAGUAGUAACAUGAGUGAUGUCAUUAGACGACCAUUAUAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACGAAUAUGACUAAUCG- - -| UC UUU UCGACAU GGC UC CUUAU UUACUAUUGU AUACUGUAG U CUG AG GAGUA AAUGAUGACA UAUGACAUC U UUAUAUUACCAGCAGAUUA U U^ C- UCU UAAACUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ava-Novel-5-P2a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUACUAUUGUUUUAUACUGUAG -22
Get sequence
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| Star sequence | Ava-Novel-5-P2a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACAGUAUUCUACAGUAGUAACA -62
Get sequence
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