| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-22-o3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4900b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-22-o3e Bfl-Mir-22-P1 Bfl-Mir-22-P2a Bfl-Mir-22-P2b Bfl-Mir-22-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. floridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049989.1: 18866452-18866510 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-22-o3d) |
Mir-22-o3e
NC_049989.1: 18866204-18866261 [-]
UCSC
Mir-22-o3d NC_049989.1: 18866452-18866510 [-] UCSC Mir-22-P1 NC_049989.1: 18881875-18881932 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGAAUCCUGCAAUGGCCUCAGUUAGGGCUGUUCUUCGCUGGAGUAGCUCUGUGACUAUGGGACCAUAGCUGCCUGGCGAAGAAUGGUCCCUUGAGGUGCUGUCGACAAAUAACGCAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGGAAUCCUGCAAUGG----| UUA UG A C UGACU CCUCAG GGGCUGUUCUUCGC G GUAGCU UG A GGAGUU CCUGGUAAGAAGCG C CGUCGA AC U AACGCAAUAAACAGCUGUCGU^ C-- GU - U CAGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bfl-Mir-22-o3d_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUCUUCGCUGGAGUAGCUCUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bfl-Mir-22-o3d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAGCUGCCUGGCGAAGAAUGGU -59
Get sequence
|
