| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4862 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-4862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049988.1: 15243748-15243805 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4862) |
Mir-4862
NC_049988.1: 15243748-15243805 [-]
UCSC
Mir-4857 NC_049988.1: 15244458-15244521 [-] UCSC Mir-4869 NC_049988.1: 15245629-15245693 [-] UCSC |
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| Seed | CGCGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGAUGAAGUCAUUUUUGUUGUCCUUAUCACGCGUUUAUGUCUGCGCCUGUCUCAUGUUAAACACAGGUACAGGCCUAAACUCGAGAUUGUGACAUCCUCAAACUACGGCGCCGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUGAUGAAGUCAUUUUUGU--| CUU A C U CG CUCAU UGUC AUC CG GUUUA GUCUG CCUGU G ACAG UAG GC CAAAU CGGAC GGACA U UUUGCCGCGGCAUCAAACUCCU^ UGU A U C AU CAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bfl-Mir-4862_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0020091 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGCGUUUAUGUCUGCGCCUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Bfl-Mir-4862_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGGUACAGGCCUAAACUCGAGA -58
Get sequence
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