| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4866 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-4866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049983.1: 19807631-19807687 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4866) |
Mir-29-P2
NC_049983.1: 19807093-19807152 [+]
UCSC
Mir-4866 NC_049983.1: 19807631-19807687 [+] UCSC |
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| Seed | CACACUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAUGUCUACAGUGCUAGACCUGUACCCAUCACACUUGUACUUCUUAGCAUGUGGUACAGGGAUGCUCAGCAGUGCAAGUGUGACAGGUAUGGUGUUUCCUUCUCUACUGGACGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCAUGUCUACAGUGCU- -| CA U U GUGGU AGAC CUGUACC UCACACUUGUACU CU AGCAU \ UUUG GGUAUGG AGUGUGAACGUGA GA UCGUA A UGGCAGGUCAUCUCUUCC U^ AC C C GGGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bfl-Mir-4866_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0020101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCACACUUGUACUUCUUAGCAU -22
Get sequence
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| Star sequence | Bfl-Mir-4866_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GCUCAGCAGUGCAAGUGUGACA -57
Get sequence
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