| MirGeneDB ID | Bge-Mir-927-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-927 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cockroach (Blattella germanica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bge-Mir-927-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-927-P2 Aga-Mir-927-P2 Dlo-Mir-927-P2 Hme-Mir-927-P2 Tca-Mir-927-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Bger_2.0) |
KZ614944.1: 401461-401525 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-927-P2-v1) |
Mir-927-P2-v1
KZ614944.1: 401461-401525 [+]
Ensembl
Mir-927-P2-v2 KZ614944.1: 401462-401524 [+] Ensembl |
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| Variant | Bge-Mir-927-P2-v1 |
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| Seed | UUUAGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUUGACAUUGGAAAUUAUUGCUCGCUUCGUUUUAGAAUUUGUACGCUUUGUUGUAAUUUUUUUAAAAAUCACAAAGCAUAUGGAUUCUUGAGCGGAUUGUGCAAUACAAGCUACUACAGAUGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUUGACAUUGGAAAUU--| U C U UG C UGUAAUUUU AUUGC CG UUCGUUU AGAAUU UA GCUUUGU \ UAACG GU AGGCGAG UCUUAG AU CGAAACA U GGGUAGACAUCAUCGAACA^ U U U GU A CUAAAAAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bge-Mir-927-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUAGAAUUUGUACGCUUUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bge-Mir-927-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AAAGCAUAUGGAUUCUUGAGCG -65
Get sequence
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| Variant | Bge-Mir-927-P2-v2 |
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| Seed | UUAGAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUGACAUUGGAAAUUAUUGCUCGCUUCGUUUUAGAAUUUGUACGCUUUGUUGUAAUUUUUUUAAAAAUCACAAAGCAUAUGGAUUCUUGAGCGGAUUGUGCAAUACAAGCUACUACAGAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUGACAUUGGAAAUUA--| U C U UG C UGUAAUUUU UUGC CG UUCGUUU AGAAUU UA GCUUUGU \ AACG GU AGGCGAG UCUUAG AU CGAAACA U GGUAGACAUCAUCGAACAU^ U U U GU A CUAAAAAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bge-Mir-927-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUAGAAUUUGUACGCUUUGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Bge-Mir-927-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAAAGCAUAUGGAUUCUUGAGC -63
Get sequence
|
