| MirGeneDB ID | Bla-Mir-103-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-103-P5 Bla-Mir-103-P7 Bla-Mir-103-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-103-P6 Hmi-Mir-103 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Sko-Mir-103 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Xbo-Mir-103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000420: 179103-179161 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-103-P6) |
Mir-103-P6
Sc0000420: 179103-179161 [-]
Ensembl
Mir-103-P5 Sc0000420: 183063-183129 [-] Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAGCACUGCCCAUUCAGCCACCUUGUCCACGGUUGCAUUGUGUUGGUCUUUGUAACAUGCGAACAAAGCAGCACUGUGCAACUGUGUAGAUGGUUGGCCCGAGCUGCGGUGACCAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGAGCACUGCCCAUUCA- -| UUGUC U GU UAACA GCC ACC CACGGUUGCAU GUGUUG CUUUG \ CGG UGG GUGUCAACGUG CACGAC GAAAC U GGACCAGUGGCGUCGAGCC U^ UAGAU U -- AAGCG 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-103-P6_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGUUGCAUUGUGUUGGUCUUUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-103-P6_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAGCAGCACUGUGCAACUGUGU -59
Get sequence
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