| MirGeneDB ID | Bla-Mir-2070-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2070 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-2070-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-2070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000079: 1008454-1008515 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2070-P1) |
Mir-2070-P1
Sc0000079: 1008454-1008515 [+]
Ensembl
Mir-2070-P2 Sc0000079: 1015147-1015208 [+] Ensembl |
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| Seed | UUCCACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUCUCGGAGAUGGUCGGGUGUGACGGGUCUUUCCACAGCCUCUACACAUGUGAGCCUUUCUUAAAGCGCAUGUGCAUAAGCUGUGGGAGCACUCUGUACACCAUUAUACAACAACUGCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCUCGGAGAUGGUCG--| AC C CUCUA GAGCCUU GGUGUG GGGU UUUCCACAGC CACAUGU U CCACAU CUCA GAGGGUGUCG GUGUACG C CGACGUCAACAACAUAUUA^ GU C AAUAC CGAAAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-2070-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUCCACAGCCUCUACACAUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-2070-P1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AUGUGCAUAAGCUGUGGGAGCA -62
Get sequence
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