| MirGeneDB ID | Bla-Mir-4860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4860 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-4860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000063: 316337-316398 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4860) |
Mir-4865-v1
Sc0000063: 315724-315790 [+]
Ensembl
Mir-4865-v2 Sc0000063: 315724-315790 [+] Ensembl Mir-4860 Sc0000063: 316337-316398 [+] Ensembl |
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| Seed | GUAGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCUCCUGCUGCUGAGUGGGUGGGACUCUCUGCCUGUCAACGUCUCUGUACAGUGAACAUGAGGCAUGUGUAGAGAUUGUGUGACGGGUAGUGAGCCCCCAACCCUCCUCCUCAUCUCAUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCUCCUGCUGCUGAGUG----| U A U - - GUGAAC GG GGG CUC CUGCCUGUCA ACG UCUCUGUACA A CC CCC GAG GAUGGGCAGU UGU AGAGAUGUGU U UCUACUCUACUCCUCCUCCCAA^ - - U G U ACGGAG 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-4860_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCAACGUCUCUGUACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-4860_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUAGAGAUUGUGUGACGGGUAGU -62
Get sequence
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