| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-246 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cel-Mir-246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
IV: 7431821-7431881 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-246) |
Mir-277-P6a
IV: 7400660-7400721 [+]
Ensembl
Mir-246 IV: 7431821-7431881 [-] Ensembl |
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| Seed | UACAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUCUGAAAAGUCCUAGUGAUAAAACAGCACCUGGCCAAUAUUAUGUAAUAUCAGAAGCAAAUUGAUUAUUACAUGUAUUGGGUAGGAGCUGUUCAAGCUAUGGUUAAAUGGGUAACGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUUCUGAAAAGUCCUA----| GAUAA A G U UCAGAAG GU AACAGC CCUG CCAAUAU AUGUAAUA C CG UUGUCG GGAU GGUUAUG UACAUUAU A UUGCAAUGGGUAAAUUGGUAU^ AAC-- A G - UAGUUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-246_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGGCCAAUAUUAUGUAAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-246_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UUACAUGUAUUGGGUAGGAGC -61
Get sequence
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