| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-248 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-248-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 4543339-4543400 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-248-v2) |
Mir-248-v1
X: 4543339-4543400 [+]
Ensembl
Mir-248-v2 X: 4543339-4543400 [+] Ensembl |
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| Variant | Cbr-Mir-248-v2 |
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| Seed | ACACGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUUUAUUGCAAACUGAUAUUCACGAUAAGCGCUAUCCUUCCGUUGUAUUCAAGCUUGGUUGUCGAGUACACGUGCUCGGAUAACGCUCAUCGAGUCUGAUCGGUUAUGUUGGUAAAGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUUUAUUGCAAACU- AUUCA- A C UUC--| U CAAGCUU GAU CGAU AGCG UAUCC CGU GUAUU \ CUA GCUA UCGC AUAGG GCA CAUGA G UUGAAAUGGUUGUAUUGG GUCUGA C A CUCGU^ - GCUGUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-248-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCGCUAUCCUUCCGUUGUAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-248-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACACGUGCUCGGAUAACGCUCA -62
Get sequence
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| Variant | Cbr-Mir-248-v1 |
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| Seed | UACACGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUUUAUUGCAAACUGAUAUUCACGAUAAGCGCUAUCCUUCCGUUGUAUUCAAGCUUGGUUGUCGAGUACACGUGCUCGGAUAACGCUCAUCGAGUCUGAUCGGUUAUGUUGGUAAAGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUUUAUUGCAAACU- AUUCA- A C UUC--| U AAGCUU GAU CGAU AGCG UAUCC CGU GUAUUC \ CUA GCUA UCGC AUAGG GCA CAUGAG G UUGAAAUGGUUGUAUUGG GUCUGA C A CUCGU^ - CUGUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-248-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCGCUAUCCUUCCGUUGUAUUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-248-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUACACGUGCUCGGAUAACGCUCA -62
Get sequence
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