| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-249 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cel-Mir-249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 8056761-8056824 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-249) |
Mir-785-P1
X: 8055330-8055397 [+]
Ensembl
Mir-249 X: 8056761-8056824 [-] Ensembl |
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| Seed | CACAGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUAUUUUGUGCGCCCUCAAUGCUACUAGCAACGCUCAAAAAUCACUGUACGACAAAUGACUAUAUUUUGUCACAGGAUUUUUGAGUGUUGCUAGUCGGAGAAGGGCCGUCUUGAAAUAAUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUAUUUUGUGCGCCCUCAAUG- -| A AC AAUGAC CU ACUAGCAACGCUCAAAAAUC CUGU GACA \ GG UGAUCGUUGUGAGUUUUUAG GACA CUGU U CUUAAUAAAGUUCUGCCGGGAAGA C^ - -- UUUAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-249_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAACGCUCAAAAAUCACUGUACGACA -26
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-249_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UCACAGGAUUUUUGAGUGUUGCU -64
Get sequence
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