| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-54-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-54 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-54b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-54-P1a Cbr-Mir-54-P1c Cbr-Mir-54-P2 Cbr-Mir-54-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-54-o1 Cel-Mir-54-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 16963615-16963679 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-54-P1b-v1) |
Mir-54-P3
X: 16963349-16963415 [-]
Ensembl
Mir-54-P2 X: 16963478-16963540 [-] Ensembl Mir-54-P1b-v1 X: 16963615-16963679 [-] Ensembl Mir-54-P1b-v2 X: 16963616-16963678 [-] Ensembl Mir-54-P1a X: 16963777-16963838 [-] Ensembl Mir-54-P1c X: 16964087-16964152 [-] Ensembl |
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| Variant | Cbr-Mir-54-P1b-v1 |
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| Seed | CGAACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAGUCAUGAGCACGAGCUGAUCUUUGACUCGAACCUGGACAUCGUUUUGUACACGAAGUCAAGCUGCUGUACCCGUGAUUCCAUGUAUCGAGUCAACGAUCGCCUUUAAAAAUGUGCUUCUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAAGUCAUGAGCACGA---| U U - C C UUUU CGAAGU GC GAUC UUGACUCGA AC UGGA AUCG GUACA C CG CUAG AACUGAGCU UG ACCU UAGU CAUGU A UUUCUUCGUGUAAAAAUUUC^ - C A U - GCC- CGUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cbr-Mir-54-P1b-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGAACCUGGACAUCGUUUUGUACA -25
Get sequence
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| Star sequence | Cbr-Mir-54-P1b-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UACCCGUGAUUCCAUGUAUCGAGU -65
Get sequence
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| Variant | Cbr-Mir-54-P1b-v2 |
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| Seed | GAACCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAGUCAUGAGCACGAGCUGAUCUUUGACUCGAACCUGGACAUCGUUUUGUACACGAAGUCAAGCUGCUGUACCCGUGAUUCCAUGUAUCGAGUCAACGAUCGCCUUUAAAAAUGUGCUUCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAGUCAUGAGCACGAGCU-- U -| C C UUUU CGAAGU GAUC UUGACUCGA AC UGGA AUCG GUACA C CUAG AACUGAGCU UG ACCU UAGU CAUGU A UUCUUCGUGUAAAAAUUUCCG C A^ U - GCC- CGUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cbr-Mir-54-P1b-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGAACCUGGACAUCGUUUUGUACA -24
Get sequence
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| Star sequence | Cbr-Mir-54-P1b-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACCCGUGAUUCCAUGUAUCGAG -63
Get sequence
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