| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-7594-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7594 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-7594a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-7594-P1a Cbr-Mir-7594-P2a Cbr-Mir-7594-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 11722778-11722840 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7594-P1b) |
Mir-7594-P2a
X: 11718111-11718173 [+]
Ensembl
Mir-7594-P1b X: 11722778-11722840 [+] Ensembl Mir-7594-P1a X: 11731112-11731174 [+] Ensembl |
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| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACUAUUCCUGAAACCGUUGCUAUGUGUUUUCGGGUUUCAUCGUCGCCCUCGACACUCACAGCGAAGUGUUGAGGUAGGCAUGUAGCCCGAAAACAAAUACGUCAACGGACCUUUGGAAUGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UACUAUUCCUGAAACCGUU- -| G U C GC ACUCAC GC UAU UGUUUUCGGGUU CAU GUC CCUCGAC A UG AUA ACAAAAGCCCGA GUA CGG GGAGUUG G GGGUAAGGUUUCCAGGCAAC C^ A U - AU UGAAGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-7594-P1b_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGUUUCAUCGUCGCCCUCGAC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-7594-P1b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0029600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGAGGUAGGCAUGUAGCCCGAAA -63
Get sequence
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