| MirGeneDB ID | Cbr-Novel-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | CBR-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
I: 14504857-14504917 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1) |
Mir-7595-P2a
I: 14504081-14504142 [-]
Ensembl
Novel-1 I: 14504857-14504917 [-] Ensembl Mir-7595-P1 I: 14505055-14505117 [-] Ensembl Novel-2 I: 14505335-14505393 [-] Ensembl |
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| Seed | UUGAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUAUUCCCUAAAAAGCUGGCCACCGGGUCCGGGUUUUGUUUUCCUUCAUACCAUGUCCGAAAUAUAGUUUGAAGUAGAAGAGAGCCCCGAUCUGGUGUCUAGCCAGCUCCUUGUCCUAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUAUUCCCUAAAAAGC--| C C G C U CAUGUCC UGG CACCGGGUC GGGUUUU UUUU CUUCA AC \ AUC GUGGUCUAG CCCGAGA AAGA GAAGU UG G CAAUCCUGUUCCUCGACCG^ U C G U U AUAUAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Novel-1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUUUUGUUUUCCUUCAUACC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Novel-1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUUGAAGUAGAAGAGAGCCCCGA -61
Get sequence
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