| MirGeneDB ID | Cel-Mir-355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-355 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrII: 11833564-11833623 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-355) |
Mir-355
chrII: 11833564-11833623 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-5594 chrII: 11865130-11865187 [-] UCSC Ensembl Mir-279-P11 chrII: 11880959-11881025 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUGUUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAGAUUAAUAAUGUCAAGAAUUGAAUGGUUUGUUUUAGCCUGAGCUAUGAGUCAUCGGAAUAUGCAUAGCUUCUUGCUAAAACAUGCCAAUCAAUCUUAAUUGACGAAGUUUUUGAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAGAUUAAUAAUGUC---| A A U CU- AGUCAUC AAGA UUGA UGGU UGUUUUAGC GAGCUAUG \ UUCU AACU ACCG ACAAAAUCG UUCGAUAC G AAAGUUUUUGAAGCAGUUAA^ - A U UUC GUAUAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-355_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000697 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGUUUUAGCCUGAGCUAUG -21
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000697 TargetScanWorm: cel-miR-355 |
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| Star sequence | Cel-Mir-355_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGCUUCUUGCUAAAACAUGCC -60
Get sequence
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