| MirGeneDB ID | Cel-Mir-73-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-73 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-73-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-73-P1a Cbr-Mir-73-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 2368787-2368848 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-73-P1) |
Mir-73-P1
chrX: 2368787-2368848 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-73-P2 chrX: 2369062-2369124 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P14 chrX: 2372475-2372534 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUAUUCCAGUGAGAGUCCCACACACGACUGGACUUCCAUAUCGAGCCACAGCUAUCAACGAAUUUGCUGGCAAGAUGUAGGCAGUUCAGUUGUGCGUUUAUGGAGACCAACAUCCGGAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUAUUCCAGUGAGAGUCCC-- A U -| GA CA UAUCAA AC CACGACUGGACU CC AUAUC GCCA GC \ UG GUGUUGACUUGA GG UGUAG CGGU CG C UUAGGCCUACAACCAGAGGUAUU C C A^ AA -- UUUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-73-P1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGACUUCCAUAUCGAGCCACAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-73-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGGCAAGAUGUAGGCAGUUCAGU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000045 TargetScanWorm: cel-miR-73 |
