| MirGeneDB ID | Cel-Mir-789-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-789 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-789-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-789-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIV: 16740708-16740773 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGAAUCAGACGAAUGUCCUGAAGGCAGGCAAUUGAUGACCCAGACAAGGACUAAUCAAGAUUGUCGAUCUAGUCCCUGCCUGGGUCACCAAUUGUCGGCCCCCGCGGGCAAAGAAUAUAUACUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAAUCAGACGAAUGU- -| AA A A A A AAUCAAGA CC UG GGC GGCAAUUG UGACCCAG CA GGACU U GG GC CCG CUGUUAAC ACUGGGUC GU CCUGA U UUUCAUAUAUAAGAAACG C^ CC G C C C UCUAGCUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-789-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0032016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUUGAUGACCCAGACAAGGACU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cel-Mir-789-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UCCCUGCCUGGGUCACCAAUUGU -66
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004224 TargetScanWorm: cel-miR-789 |
