| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr8: 71774264-71774323 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v1
chr8: 71774264-71774323 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-v2 chr8: 71774264-71774323 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-203-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCCCGCGGACUUCCCGGCGCGCUGGGUCCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUAGCGCAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGCCCCGGCGGGCCCGGCGGCGGCGGCCGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGCCCGCGGACUUCCCG--| G UCC U G A GUUCUGU GC CGCUGGG AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CG GCGGCCC UCACCAGGA UUGU AAGU GU A CAGGCCGGCGGCGGCGGCC^ G CGA U A - UAACGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-203 miRDB: MIMAT0009866 |
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| Variant | Cfa-Mir-203-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCCCGCGGACUUCCCGGCGCGCUGGGUCCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUAGCGCAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGCCCCGGCGGGCCCGGCGGCGGCGGCCGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGCCCGCGGACUUCCCG--| G UCC U G A UUCUGU GC CGCUGGG AGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CG GCGGCCC UCACCAGGA UUGU AAGU GUU A CAGGCCGGCGGCGGCGGCC^ G CGA U A - AACGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-203-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-203-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-203 miRDB: MIMAT0009866 |
