| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-582-v1 Cja-Mir-582 Cpo-Mir-582-v1 Dno-Mir-582-v1 Eca-Mir-582 Hsa-Mir-582-v1 Laf-Mir-582-v1 Mml-Mir-582-v1 Mmr-Mir-582-v1 Mmu-Mir-582-v1 Ocu-Mir-582 Pab-Mir-582-v1 Rno-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr2: 46497282-46497341 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v1) |
Mir-582-v1
chr2: 46497282-46497341 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-582-v2 chr2: 46497283-46497340 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-582-v1 |
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| Seed | UACAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACCUCAACACUUCAGUCUGUACUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAGCUAAUUGUAACCAGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUGGAAACAUUUCAUUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACCUCAACACUUCAGUC--| UUA CA UAAUCU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAAC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUG CAAUG G AGUUACUUUACAAAGGUGAA^ CAA AC UUAAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-582-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUACAGUUGUUCAACCAGUUAC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-582 miRDB: MIMAT0009916 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-582-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACCAGUUGAACAACUGAACCC -60
Get sequence
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| Variant | Cfa-Mir-582-v2 |
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| Seed | ACAGUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUCAACACUUCAGUCUGUACUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAGCUAAUUGUAACCAGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUGGAAACAUUUCAUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACCUCAACACUUCAGUC--| UUA CA UAAUCU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAAC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUG CAAUG G GUUACUUUACAAAGGUGAA^ CAA AC UUAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-582-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUUGUUCAACCAGUUACU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-582 miRDB: MIMAT0009916 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-582-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAACCAGUUGAACAACUGAACC -58
Get sequence
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