| MirGeneDB ID | Cin-Mir-4070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4070 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cin-mir-4070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ci3) |
5: 662540-662600 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4070) |
Mir-4086
5: 662410-662467 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4070 5: 662540-662600 [+] UCSC Ensembl Mir-4085 5: 663501-663559 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUGAAGUAUUUUCUGUGAUGUCACUGUUUCGAAUGUUAUGCAGGCACGUGCACGUCAUAGAGCUAUGCACGCGUCACGUGACAUCGAACCAGUGCGUCACGCAACAACAUUGGAAACGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAUGAAGUAUUUUCUG---| U U A CA A ACGUCAU UGAUG CACUG UUCGA UGUUAUG GGC CGUGC \ ACUGC GUGAC AAGCU ACAGUGC CUG GCACG A AGCAAAGGUUACAACAACGC^ - C - A- C UAUCGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cin-Mir-4070_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0016628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGAAUGUUAUGCAGGCACGUGC -23
Get sequence
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| Star sequence | Cin-Mir-4070_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0016629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CACGCGUCACGUGACAUCGAAC -61
Get sequence
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