| MirGeneDB ID | Cja-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-34-P1 Cja-Mir-34-P2a Cja-Mir-34-P2b Cja-Mir-34-P3b Cja-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3a Aga-Mir-34 Agr-Mir-34 Ami-Mir-34-P3a Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3a Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3a Cmi-Mir-34-P3a Cpi-Mir-34-P3a Cpo-Mir-34-P3a Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dlo-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3a Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3a Gja-Mir-34-P3a Gpa-Mir-34 Gsp-Mir-34 Hmi-Mir-34 Hru-Mir-34 Hsa-Mir-34-P3a-v1 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3a Lgi-Mir-34 Lhy-Mir-34 Llo-Mir-34 Loc-Mir-34-P3a Mgi-Mir-34 Mmu-Mir-34-P3a Mom-Mir-34 Mun-Mir-34-P3a Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3a Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3a Ofu-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pab-Mir-34-P3a Pau-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3a Pca-Mir-34 Pdu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Pve-Mir-34 Rno-Mir-34-P3a Rph-Mir-34 Sko-Mir-34 Snu-Mir-34 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3a Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3a Tur-Mir-34 War-Mir-34 Xla-Mir-34-P3a1 Xla-Mir-34-P3a2 Xtr-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021916.1: 151489642-151489700 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3a-v1) |
Mir-34-P3a-v2
CM021916.1: 151489641-151489700 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3a-v1 CM021916.1: 151489642-151489700 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3b CM021916.1: 151491246-151491305 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3c CM021916.1: 151491366-151491427 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cja-Mir-34-P3a-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCAAAGGAUAAAGCUGGGAUGUGUCAGGUAGGCAGUGUAUUGCUAGCGGCUGUUAAUAAUUUUAACAGUUGCUGGUUGCACUCCCUUCUGUUGCAUUCAGAGAAGCACGCCCCCCAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGCAAAGGAUAAAGCUG---| U U C UU AAUA GGAUGUG CAGG AGG AGUGUA GCUAGCGGCUGUU \ CUUACGU GUCU UCC UCACGU UGGUCGUUGACAA A AAACCCCCCGCACGAAGAGA^ U - C -- UUUU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-34-P3a-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCAGUGUAUUGCUAGCGGCUGUU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-34-P3a-v1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAGUUGCUGGUUGCACUCCCUUC -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cja-Mir-34-P3a-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCAAAGGAUAAAGCUGGGAUGUGUCAGGUAGGCAGUGUAUUGCUAGCGGCUGUUAAUAAUUUUAACAGUUGCUGGUUGCACUCCCUUCUGUUGCAUUCAGAGAAGCACGCCCCCCAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCAAAGGAUAAAGCUG--| U U C UU UUAAUA GGAUGUG CAGG AGG AGUGUA GCUAGCGGCUG \ CUUACGU GUCU UCC UCACGU UGGUCGUUGAC A AAACCCCCCGCACGAAGAGA^ U - C -- AAUUUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-34-P3a-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGCAGUGUAUUGCUAGCGGCUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-34-P3a-v2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUUGCUGGUUGCACUCCCUUC -60
Get sequence
|
