| MirGeneDB ID | Cli-Mir-2131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2131 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-2131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gga-Mir-2131 Tgu-Mir-2131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold476: 26740-26804 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2131) |
Mir-2954
scaffold476: 14816-14876 [+]
Mir-2131 scaffold476: 26740-26804 [-] |
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| Seed | UGCAGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCUGUUAAAGAGUGCUCUUGUGGCUUCCAUGCAGAAGUGCACGGAAACAGCUAUUUGCUAUUGAAAAGUUGGCUGUUACUGUUCUUCUGAUGGAUGCUGCUGGAUUCUGACACUGGCAUGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUCUGUUAAAGAGUGC--| U UG U G UGC A AUUUGCUA UCU G GC UCCAU CAGAAG ACGG AACAGCU U AGG C CG AGGUA GUCUUC UGUC UUGUCGG U CGUGUACGGUCACAGUCUU^ U GU U - U-- A UUGAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cli-Mir-2131_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGCAGAAGUGCACGGAAACAGCU -24
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cli-Mir-2131_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- CUGUUACUGUUCUUCUGAUGG -65
Get sequence
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