| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-24-P3 Ami-Mir-24-P3 Bta-Mir-24-P3 Cfa-Mir-24-P3 Cja-Mir-24-P3 Cpi-Mir-24-P3 Cpo-Mir-24-P3 Dno-Mir-24-P3 Dre-Mir-24-P3 Eca-Mir-24-P3 Ete-Mir-24-P3 Gga-Mir-24-P3 Gja-Mir-24-P3 Gmo-Mir-24-P3 Hsa-Mir-24-P3 Laf-Mir-24-P3 Lch-Mir-24-P3 Loc-Mir-24-P3 Mdo-Mir-24-P3 Mml-Mir-24-P3 Mmr-Mir-24-P3 Mmu-Mir-24-P3 Mun-Mir-24-P3a Mun-Mir-24-P3b Neu-Mir-24-P3 Oan-Mir-24-P3 Ocu-Mir-24-P3 Pab-Mir-24-P3 Pbv-Mir-24-P3 Rno-Mir-24-P3 Sha-Mir-24-P3 Sto-Mir-24-P3 Tgu-Mir-24-P3 Tni-Mir-24-P3 Xla-Mir-24-P3c Xla-Mir-24-P3d Xtr-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635928.1: 356764-356823 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P3) |
Mir-23-P3a
KI635928.1: 353511-353570 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 KI635928.1: 354256-354321 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 KI635928.1: 356764-356823 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAACUGCAAGAACUGGGCUCAAUCUUCUGUGCCUACUGAGCUGAUAACAGUUGAUAUUGUUUGCACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGAGUUGAGCCCCUUUGACCACGUGAGAAAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CACAACUGCAAGAACUG---| U G A UAA UGAUAU GGCUCAA CUUCUGU CCU CUGAGCUGA CAGU \ CCGAGUU GAGGACA GGA GACUUGACU GUCA U GAAAGAGUGCACCAGUUUCC^ - A C CG- CGUUUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cmi-Mir-24-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAUAACAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cmi-Mir-24-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -60
Get sequence
|
