| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-214 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mun-Mir-214 Pab-Mir-214 Spt-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH585174: 220443-220505 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v2) |
Mir-214-v1
JH585174: 220443-220505 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-214-v2 JH585174: 220443-220505 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v1 JH585174: 227135-227195 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v2 JH585174: 227135-227195 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 JH585174: 227135-227195 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cpi-Mir-214-v2 |
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| Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGACUGGCUGGACGGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCUCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACAACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGACUGGCUGGACGGA--| U ACA GAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCAACAGUAAGUCCGACC^ U CAC CCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-214-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-214-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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| Variant | Cpi-Mir-214-v1 |
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| Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGACUGGCUGGACGGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCUCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACAACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGACUGGCUGGACGGA--| U ACA AGAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUG C ACCAACAGUAAGUCCGACC^ U CAC UCCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-214-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-214-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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