| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-12072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12072 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-12072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_17: 14952640-14952698 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12072) |
Mir-218-P4
scaffold_17: 14934416-14934479 [-]
UCSC
Mir-12072 scaffold_17: 14952640-14952698 [-] UCSC |
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| Seed | GGGCUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUCUGGGACAGCCUGCCCCUCCGGCCCUGGGCUGCCCUUGCCUGACUCUGUCUCACUGAUGAGGAGAAAGGAUGAGGCAGGCCAAGGAAGGAGGUGGCCCAAGAUGCACCCAGUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUCUGGGACAGCCU- -| GG C G CUUG GA GUCUCA GCC CCUCC CC UGG CUGCC CCU CUCU \ CGG GGAGG GG ACC GACGG GGA GAGG C CAUGACCCACGUAGAACC U^ AA A G AGUA AA AGUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-12072_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGCUGCCCUUGCCUGACUCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-12072_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGAAAGGAUGAGGCAGGCCAAG -59
Get sequence
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