| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-12082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12082 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-12082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_7: 45795923-45795982 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12082) |
Mir-12082
scaffold_7: 45795923-45795982 [+]
UCSC
Mir-138-P1 scaffold_7: 45796470-45796530 [+] UCSC |
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| Seed | AGCCAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUCCCUGCCCAUGAUCCUAGGGGAUGGGGAAGCCAACCACAGACACCACAGAAAAGAUAAAUCUCUCUGAUGGUGUCUUAGUUGCUUUCCUGUUCCUGGGACGUGAUACCCUGACACCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAUCCCUGCCCAUGAUC--| A C CAC - AAAGAU CU GGGGAUGGGGAAGC AAC AGACACCA CAGA \ GG UCCUUGUCCUUUCG UUG UCUGUGGU GUCU A CCCACAGUCCCAUAGUGCA^ G - AU- A CUCUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-12082_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGCCAACCACAGACACCACAGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-12082_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAUGGUGUCUUAGUUGCUUUC -60
Get sequence
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