| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-181b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1b Cpo-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2b Ami-Mir-181-P2b Bta-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2b Cja-Mir-181-P2b Cli-Mir-181-P2b Cmi-Mir-181-P2b Cpi-Mir-181-P2b Dno-Mir-181-P2b Dre-Mir-181-P2b2 Eca-Mir-181-P2b Ete-Mir-181-P2b Gga-Mir-181-P2b Gja-Mir-181-P2b Gmo-Mir-181-P2b2 Hsa-Mir-181-P2b Laf-Mir-181-P2b Lch-Mir-181-P2b Loc-Mir-181-P2b Mal-Mir-181-P2b2 Mdo-Mir-181-P2b Mml-Mir-181-P2b Mmr-Mir-181-P2b Mmu-Mir-181-P2b Mun-Mir-181-P2b Neu-Mir-181-P2b Oan-Mir-181-P2b Ocu-Mir-181-P2b Pab-Mir-181-P2b Pbv-Mir-181-P2b Rno-Mir-181-P2b Sha-Mir-181-P2b Spt-Mir-181-P2b Sto-Mir-181-P2b Tgu-Mir-181-P2b Tni-Mir-181-P2b1 Xla-Mir-181-P2b3 Xla-Mir-181-P2b4 Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_27: 9386137-9386196 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2b) |
Mir-181-P2b
scaffold_27: 9386137-9386196 [-]
UCSC
Mir-181-P1b scaffold_27: 9387694-9387753 [-] UCSC |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCAACUGGAUGCACUGAUGGCUGCACUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUGAAUCUGAAUUGACUCACUGAUCAAUGAAUGCAAACUGCGGACCACACAACCCAAGGAAACCAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCAACUGGAUGCACUGA- -| CUCAA CU UGAAU UGG CUGCA CAUUCAUUG GUCGGUGGGUU C ACC GGCGU GUAAGUAAC UAGUCACUCAG U AAACCAAAGGAACCCAACAC A^ CAAAC -- UUAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-181-P2b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-181-P2b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUCACUGAUCAAUGAAUGCAAA -60
Get sequence
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