| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-582 Eca-Mir-582 Ocu-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_29: 2467346-2467403 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v2) |
Mir-582-v1
scaffold_29: 2467345-2467404 [+]
UCSC
Mir-582-v2 scaffold_29: 2467346-2467403 [+] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-582-v2 |
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| Seed | AACCGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUCAACACAGCAAUCUGUACUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUUUAACUAAUUGUAACCGGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUGAAAACAUUUCACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACCUCAACACAGCAAUC--| UUA A UAAUUU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAACC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUGG CAAUG A GUCACUUUACAAAAGUGAA^ CAA C UUAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-582-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUUGUUCAACCAGUUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-582-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAACCGGUUGAACAACUGAACC -58
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-582-v1 |
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| Seed | ACCGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACCUCAACACAGCAAUCUGUACUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUUUAACUAAUUGUAACCGGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUGAAAACAUUUCACUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACCUCAACACAGCAAUC--| UUA A UAAUUU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAACC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUGG CAAUG A AGUCACUUUACAAAAGUGAA^ CAA C UUAAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-582-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUACAGUUGUUCAACCAGUUAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-582-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACCGGUUGAACAACUGAACCC -60
Get sequence
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