| MirGeneDB ID | Cte-Mir-1998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1998 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-1998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-1998-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dgr-Mir-1998 Pdu-Mir-1998 Snu-Mir-1998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_24: 172650-172725 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1998-v2) |
Mir-2000
CAPTEscaffold_24: 172461-172517 [-]
Ensembl
Mir-1998-v2 CAPTEscaffold_24: 172650-172725 [-] Ensembl Mir-1998-v1 CAPTEscaffold_24: 172651-172724 [-] Ensembl |
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| Variant | Cte-Mir-1998-v2 |
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| Seed | UGAACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUACCACGUACAUCUGCUGGGUCUGGUGGUGUAUAUUUCCGCGUCCAGACUCUUUGUGGUCCUGCAAUGGCAAAUUAUCGAGUUGAACGCAGAGAUGUACAUCACCAACCGCAGACCAAAUCAACACCCUAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGUACCACGUACAUCUG-- -| C C CCA CUUUGUGGUCCUGC CUG GGU UGGUGGUGUAUAUUUC GCGU GACU \ GAC CCA ACCACUACAUGUAGAG CGCA UUGA A ACUAUCCCACAACUAAACCA G^ - A AG- GCUAUUAAACGGUA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-1998-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUAUAUUUCCGCGUCCAGACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-1998-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
54- UUGAACGCAGAGAUGUACAUCA -76
Get sequence
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| Variant | Cte-Mir-1998-v1 |
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| Seed | UUGAACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUACCACGUACAUCUGCUGGGUCUGGUGGUGUAUAUUUCCGCGUCCAGACUCUUUGUGGUCCUGCAAUGGCAAAUUAUCGAGUUGAACGCAGAGAUGUACAUCACCAACCGCAGACCAAAUCAACACCCUAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUACCACGUACAUCUG-- -| C C CCA UUUGUGGUCCUGC CUG GGU UGGUGGUGUAUAUUUC GCGU GACUC \ GAC CCA ACCACUACAUGUAGAG CGCA UUGAG A CUAUCCCACAACUAAACCA G^ - A AG- CUAUUAAACGGUA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-1998-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAUAUUUCCGCGUCCAGACUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-1998-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
52- GUUGAACGCAGAGAUGUACAUC -74
Get sequence
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