| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2-o18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-2-o13 Cte-Mir-2-o14 Cte-Mir-2-o15 Cte-Mir-2-o16 Cte-Mir-2-o17 Cte-Mir-2-o19 Cte-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_876: 28955-29017 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o18) |
Mir-2-o18
CAPTEscaffold_876: 28955-29017 [-]
Ensembl
Mir-2-o17 CAPTEscaffold_876: 29085-29145 [-] Ensembl Mir-2-o16 CAPTEscaffold_876: 29247-29305 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCUUGGCUUUUUCAAGCUUUUGAGAAGUCAACCUAAUGCACUUUGUGAUGUGCUUUUGAAUUGGAGUCGUAUCACAGUGGAUUUGGUUUAUUUCUUACAUUUUCUAUCAUCAUUUUUGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCUUGGCUUUUUCAAGCUUU--| C U G UU CUUUUGA UGAGAAGU AACC AAU CACU GUGAUGUG \ AUUCUUUA UUGG UUA GUGA CACUAUGC A AGAGUUUUUACUACUAUCUUUUAC^ U U G -- UGAGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2-o18_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAACCUAAUGCACUUUGUGAUGUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2-o18_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013528 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAUCACAGUGGAUUUGGUUUAU -63
Get sequence
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