| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2685-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2685 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-2685-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Efe-Mir-2685-P2 Pdu-Mir-2685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sedentaria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_777: 8763-8827 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2685-P2) |
Mir-2685-P2
CAPTEscaffold_777: 8763-8827 [-]
Ensembl
Mir-2685-P1 CAPTEscaffold_777: 8901-8958 [-] Ensembl Mir-281 CAPTEscaffold_777: 24457-24511 [+] Ensembl |
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| Seed | AACUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUAACAGUUGCUAGGGAAGCUUGCGAAUCUUGUGAUCUUUCGAGGGUUGUAGUUGACGUGUUUUGGUUUUAUAACUCAGUAAGAUCACAGGCCUUGCAUUUUUCUCGGUCUUCAAUUAGUCGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGUAACAGUUGCUAGG--| CU AU UCGA GUUGACGU GAAG UGCGA CUUGUGAUCUU GGGUUGUA G CUUU ACGUU GGACACUAGAA CUCAAUAU U CGCUGAUUAACUUCUGGCU^ UU CC UGA- UUUGGUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2685-P2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0013532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUGUGAUCUUUCGAGGGUUGUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2685-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UAACUCAGUAAGAUCACAGGCC -65
Get sequence
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