| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2686-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2686 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2686c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-2686-P2 Cte-Mir-2686-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Efe-Mir-2686-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sedentaria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_174: 220483-220549 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2686-P1) |
Mir-2686-P1
CAPTEscaffold_174: 220483-220549 [+]
Ensembl
Mir-2686-P2 CAPTEscaffold_174: 220637-220693 [+] Ensembl Mir-2686-P3 CAPTEscaffold_174: 220806-220865 [+] Ensembl |
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| Seed | AGAUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCAUGAGCCCUCGCGGUCAUAUCACAAGAACCUAUAUUUGGGACAGCUCUCAUGGAACUCUUGAUAUCAUAGAAAGAUGUUCUUAAUGUAGGUUUCUUGUGCUGACCUUUAUCAACGAACUGACCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCAUGAGCCCUCGCGG----| UAU - U G C AUGGAACUC UCA CACAAGAA CCUAUAUU GGGACA CU UC U AGU GUGUUCUU GGAUGUAA UCUUGU GA AG U CCCAGUCAAGCAACUAUUUCC^ C-- U U A A AUACUAUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2686-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUAUAUUUGGGACAGCUCUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2686-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013538 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- AAGAUGUUCUUAAUGUAGGUUUC -67
Get sequence
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