| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2711 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_234: 20073-20133 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2711) |
Mir-2719
CAPTEscaffold_234: 18731-18792 [-]
Ensembl
Mir-2711 CAPTEscaffold_234: 20073-20133 [+] Ensembl |
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| Seed | UUGGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGGAGUUGAUGAAGCCAAGCAGACAGUGUAUUGGUGUAAUUAUGAUGUCUUCGUACGUAAAUACAUCUAAGGCAUCGUUUACACCACGUCAUUUCUGUCGGAAUUACGUCAUAGAGAUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGGAGUUGAUGAAGCCAA---| C UAU UU CGUACGUA GCAGA AGUG UGGUGUAA AUGAUGUCUU \ UGUCU UUAC ACCACAUU UGCUACGGAA A CGUAGAGAUACUGCAUUAAGGC^ - UGC -- UCUACAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cte-Mir-2711_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0013580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUUGGUGUAAUUAUGAUGUCUUCG -24
Get sequence
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| Star sequence | Cte-Mir-2711_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AAGGCAUCGUUUACACCACGUC -61
Get sequence
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