| MirGeneDB ID | Dan-Novel-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | DAN-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. ananassae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. ananassae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13335: 210604-210664 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1) |
Novel-1
scaffold_13335: 210604-210664 [+]
Ensembl
Novel-2 scaffold_13335: 210773-210833 [+] Ensembl Novel-3 scaffold_13335: 210927-210985 [+] Ensembl |
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| Seed | UAGGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACGCAGAAAAAAAGAGGAGCUAGUUUCUUUGCCAUACUGCUCAAACUUAAUUUGUAUUUAAAAAAAUUAGGUUUGGUAGUAUUUGGCGAAAAAAAUUAGAUUCCGAAGCUACGGAGAGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACGCAGAAAAAAAGAGGAG- C- --| U UGUAU CUAGUUU UUUGCCA UACUGC CAAACUUAAUU U GAUUAAA AAGCGGU AUGAUG GUUUGGAUUAA U AUGAGAGGCAUCGAAGCCUUA AA UU^ - AAAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Novel-1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCAUACUGCUCAAACUUAAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Novel-1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUAGGUUUGGUAGUAUUUGGCGAA -61
Get sequence
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